深圳大学于2008年12月获教育部批准，开设临床医学专业，同年成立深圳大学医学院，是深圳市本土第一家医学院校。中国工程院钟南山院士为医学院名誉院长。

2013年4月，为进一步整合学科资源，优化学科布局，推动深圳大学医学学科的快速发展，学校组建了深圳大学医学部。学部下设基础医学院、生物医学工程学院、药学院、护理学院、口腔医学院、公共卫生学院、国医学院（筹）、全科医学系、卡尔森国际肿瘤中心、医学人文中心等部门。国家基金委创新群体首席科学家，国家杰出青年基金获得者，基金委重大及重点项目负责人，多项国家863、973计划负责人朱卫国教授担任医学部主任。刘军山同志担任医学部党委书记。

医学部的办学定位与总体目标是立足深圳，依托粤港澳大湾区医疗卫生事业发展，面向国际，以改革和创新的精神，培养高素质复合型医学人才，为建设国际一流医学院校而努力奋斗。到2030年，争取建成国内领先、国际知名，医、教、研、产业化一体化发展的医学院校，为深圳建设成为中国特色社会主义先行示范区和“健康中国”深圳样板提供强有力支撑。